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| Measures of SNP-disease |
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| association in populations |
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| additive
models |
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| trend test (genotype vs. phenotype, 2 x 3) |
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| allele test (allele frequency,2 x 2) |
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| problem is mating between relatives = population |
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| substructure--both cause Hardy-Weinberg |
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| equilibrium to be violated |
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| estimate inbreeding coefficient from a whole- |
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| genome scan (Devlin, Biometrics '99) |
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| spatial (chromosomal) dependence? |
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| not well worked out for haplotypes |
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