Database sequence (N = 40 bases)
GTGTCAGCTAACGGCCGTTACGATGCTAAAGCTATACGA
Words (W = 11)(Index size = N - W = 29)
GTGTCAGCTAA
 TGTCAGCTAAC
  GTCAGCTAACG
   TCAGCTAACGG
    CAGCTAACCGC
etc.
Probe sequence
TCATATCACGGCCCTTCGGACCTGAGG
Words
TCATATCACGG
 CATATCACCGC
  ATATCACCGCC
etc.