Probe sequence   TCATATCACGGCCCTTCGGACCTGAGG Database sequence   TGTCAGCTAACGGCCGTTACGATGCTAAAGCTATACGATTAGCG
		Initial Alignment   TCAGATCACGG   |||| | ||||   TCAGCTAACGG (9 * 1) + (2 * -3) = 3
	Extension    TCAGATCACGGC    |||| | |||||    TCAGCTAACGGC (10 * 1) + (2 * -3) = 4
				HSP
			TCAGATCACGGCCCAACGGACCTGAGG |||| | ||||||     ||    | TCAGCTAACGGCCGTTACGATGCTAAA (11 - 39) = -28